1. Forskellige lyskilder
Belysningskilden, der bruges i mikroskopet, er elektronstrømmen, der udsendes af elektronkanonen, og belysningskilden for det optiske mikroskop er synligt lys (sollys eller lys). Da bølgelængden af understrømmen er meget kortere end lysbølgens bølgelængde, er forstørrelsen og opløsningen af elektronmikroskopet væsentligt højere end lysspejlets. .
2. Forskellige linser
Objektivlinsen, der forstørres i elektronmikroskopet, er en elektromagnetisk linse (en ringformet elektromagnetisk spole, der kan generere et magnetisk felt i midten), og objektivlinsen i et optisk mikroskop er en optisk linse lavet af glas. Der er tre grupper af elektromagnetiske linser i elektronmikroskoper, som svarer til funktionerne af kondensatorobjektiv og okular i optiske mikroskoper.
3. Forskellige billeddannelsesprincipper
I elektronmikroskopet forstørres elektronstrålen, der virker på prøven, der skal inspiceres, af en elektromagnetisk linse og rammer derefter en fluorescerende skærm til billeddannelse eller virker på en lysfølsom film til billeddannelse. Mekanismen bag forskellen i elektrondensitet er, at når elektronstrålen virker på prøven, der skal testes, kolliderer de indfaldende elektroner med stoffets atomer for at generere spredning, og forskellige dele af prøven har forskellige spredningsgrader for elektronerne, så elektronbilledet af prøven præsenteres i nuancer. Objektbilledet af prøven i det optiske mikroskop præsenteres med en forskel i lysstyrke, som er forårsaget af forskellen i mængden af lys absorberet af prøvens forskellige strukturer.
4. Opløsning
På grund af lysets interferens og diffraktion kan opløsningen af optiske mikroskoper kun begrænses til 02-05um. Fordi elektronmikroskoper bruger elektronstråler som lyskilder, kan fejlhastigheden nå mellem 1 og 3 nm. Derfor hører vævsobservation af optiske mikroskoper til analyse på mikronniveau, og vævsobservation af elektronmikroskoper hører til analyse på nanoniveau.
5. Dybdeskarphed
Generelt er dybdeskarpheden af et optisk mikroskop mellem 2-3um, så prøvens overfladeglathed er ekstremt krævende, så prøveforberedelsesprocessen er relativt kompliceret. SEM-ånden kan være så høj som flere meter, så der er ingen krav til glatheden af prøveoverfladegeometrien, prøveforberedelsen er relativt enkel, og nogle prøvegeometrier kræver ikke prøveforberedelse. Stereomikroskoper har en relativt stor dybdeskarphed, men deres opløsning er meget lav.
6. Der anvendes forskellige præparatmetoder
Forberedelsesproceduren for vævs- og celleprøver, der anvendes til submikroskopisk observation, er kompleks med høje tekniske vanskeligheder og omkostninger. Særlige reagenser og operationer er påkrævet i trinene med prøveudtagning, fiksering, dehydrering og indlejring. Endelig skal de indlejrede vævsblokke placeres i en ultramikrotom for at skære i ultratynde prøver med en tykkelse på 50 ~ 100nm. Prøver observeret ved lysmikroskopi placeres generelt på objektglas, såsom almindelige vævsskiveprøver, celleudstrygningsprøver, vævspressede prøver og celledråbeprøver.
7. Forstørrelse
Den effektive forstørrelse af det optiske mikroskop er 1000X. Den effektive forstørrelse af et godt elektrisk mikroskop kan nå 1000.000X.






