To anvendelser af mikroskoper:
Et biologisk mikroskop: Generelt kan mikroskoper opdeles i to kategorier: stereomikroskoper og biologiske mikroskoper. På grund af forskellige formål og krav er der opstået mange grene, men de grundlæggende principper forbliver de samme. Polarisering, fasekontrast, transmission og faldende lys klassificeres stadig som biologiske mikroskoper.
Stereoskopisk mikroskop: Også kendt som dissekering af mikroskop, fast mikroskop og stereomikroskop er det et mikroskop ved mange anvendelser. Det er let at betjene, kræver ikke høje standarder for prøver, har en lang arbejdsafstand og har en stærk fornemmelse af tredimensionalitet under observation. Det kan observere fysiske objekter og udføre nogle operationer på prøver, mens de observerer. I modsætning til biologiske mikroskoper, der kræver skæring af prøver, kræver skæring tilsvarende teknikker og udstyr. Derfor har stereomikroskoper en lang række anvendelser inden for mikroelektronik, præcisionsinstrumentmontering og vedligeholdelse, mikrokarving og andre felter. Verligt brugt inden for biologi og medicin til anatomiske operationer og mikrokirurgi (i øjeblikket klassificeret som kirurgiske mikroskoper), kan dens lyskilde kun bruge kolde lyskilder (optiske fibre) inden for biologi og medicin; Brugt i industrien til observation, samling, inspektion og andet arbejde med små komponenter og integrerede kredsløb.
Metallografisk mikroskop: Mange mennesker kan lide at skrive det som "gylden mikroskop". Metallografisk mikroskop er et mikroskop, der specifikt bruges til at observere den metallografiske struktur af uigennemsigtige objekter, såsom metaller og mineraler. Disse uigennemsigtige objekter kan ikke observeres i et regelmæssigt transmissionsmikroskop, så den største forskel mellem dem er, at førstnævnte bruger reflekteret lys, mens sidstnævnte bruger transmitteret lys til belysning. I et metallografisk mikroskop ledes belysningsstrålen fra den objektive linse mod overfladen af det observerede objekt, reflekteret af objektoverfladen og vender derefter tilbage til den objektive linse til billeddannelse. Denne reflekterende belysningsmetode er også vidt anvendt til påvisning af integrerede kredsløbssiliciumskiver.
