Lys- og elektronmikroskoper adskiller sig fra hinanden. Sammenlign variationerne af lignende udtryk.
Et optisk mikroskop kan kun se specifikke cellestrukturer, såsom cellevægge, kloroplaster, mærkede kromosomer, mitokondrier, kerner osv., hvorimod et elektronmikroskop kan observere alle cellestrukturer. For at sige det enkelt kan et lysmikroskop afsløre den mikroskopiske struktur af en celle, mens et elektronmikroskop kan afsløre dens submikroskopiske sammensætning.
Forstørrelsen er den primære skelnen. Uanset hvor meget zoom der bruges, har optiske mikroskoper en maksimal forstørrelse, som det menneskelige øje ikke kan skelne. y(min)=0.61*bølgelængde / (n*sinu) Det maksimale er ca. 1,5, selvom n*sinu er nedsænket i olie, og de resterende mængder afhænger af bølgelængdens størrelse. Derfor er det nyttesløst at zoome ind, fordi den maksimale forstørrelse af et optisk mikroskop er omkring 1000 gange. Da bølgelængden af elektronstrålerne, der bruges i elektronmikroskop-billeddannelse, er væsentligt kortere end synligt lys, kan de løse små detaljer, hvilket giver mulighed for forstørrelser på op til flere millioner.
